Цвет глаз определяется генетически — пигментацией радужки.
Пигмент помогает контролировать, сколько света проходит через глаза. Цвет варьируется обычно от бледно-голубого до тёмно-коричневого.
Цвет глаз зависит от количества меланина: чем его больше, тем темнее глаз. Ранее исследователи полагали, что цвет глаз зависит только от одного гена и что карий цвет доминирует над голубым. Оказывается, в формировании цвета глаз участвуют разные гены. Поэтому у кареглазых родителей может родиться голубоглазый ребёнок, хотя такое встречается редко
В регионах, где солнечного света меньше, достаточно малого количества меланина. Так 8–10 тысяч лет назад на территории Европы появился вариант гена, характерный для людей с голубыми глазами. Учёные предполагают, что все люди с голубыми глазами имеют одного общего предка, у которого впервые возникла эта мутация.